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Der Ursprung des Max-Planck Instituts für biologische Kybernetik liegt in der 1958 am Max-Planck-Institut für Biologie etablierten "Forschergruppe Kybernetik" aus der im Jahre 1968 das Max-Planck Institut hervorging. Der Forschungsschwerpunkt des Instituts liegt seit Anbeginn bei der Aufnahme und Verarbeitung von visueller Information im Nervensystem. Zunächst stand die Verhaltensanalyse des visuellen Systems von Insekten im Vordergrund. Fortschritte auf dem Gebiet der Perzeptionstheorie und Neuentwicklungen auf dem Gebiet der experimentellen Technologie haben dazu geführt, dass sich im Zuge von Neuberufungen der thematische Schwerpunkt des Instituts innerhalb der letzten fünfzehn Jahre in Richtung "Aufklärung von kognitiven Prozessen" verschoben hat. Die beiden Abteilungen "Wahrnehmung, Kognition und Handlung" (gegründet 1993) und "Physiologie kognitiver Prozesse" (gegründet 1997) arbeiten mit einem komplementären methodischen Ansatz an der systemanalytischen Aufklärung von komplexen Leistungen im Gehirn von Primaten. Diese inhaltliche Ausrichtung des Instituts wurde im Jahr 2001 durch die Gründung der Abteilung "Empirische Inferenz" ergänzt. Mit der Fertigstellung der Institutserweiterung Mitte 2006 ist mit dem Magnetresonanzzentrum eine vierte Abteilung entstanden.