Für die im Forum Gesundheitsstandort anzugehenden Themen wurden drei Themenblöcke definiert, die jeweils unter Federführung eines Ministeriums bearbeitet werden: Für die Entwicklung effizienter und qualitätsorientierter Strukturen in der Gesundheitsversorgung ist das Ministerium für Soziales, Gesundheit und Integration zuständig. Die anwendungsorientierte Forschung sowie Innovationen, Wertschöpfung und Beschäftigung in der Gesundheitswirtschaft verantwortet das Ministerium für Wirtschaft, Arbeit und Tourismus. Das Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst übernimmt den Bereich Wissenschaft und Forschung.

Die BIOPRO Baden-Württemberg GmbH hat eine umfassende Koordinierungs-, Bündelungs- und Geschäftsstellenfunktion inne. Zur Gesamtkoordinierung der Arbeiten des Forums Gesundheitsstandort wurde zudem eine interministerielle Arbeitsgruppe auf Arbeitsebene unter Leitung des Staatsministeriums und mit Beteiligung des Wissenschaftsministeriums, des Wirtschaftsministeriums, des Sozialministeriums und der BIOPRO Baden-Württemberg GmbH eingerichtet.